Dom
Die Altstadt liegt auf einer schmalen Halbinsel am Zusammenfluss von Inn und Donau. Versteckte Hinterhöfe, romantische Winkel und viele Gassen, die teilweise steil zu den Flussufern abfallen, geben der Stadt ihren italienischen Charakter. Überragt wird die Altstadt vom Stephansdom, dem Sitz des Passauer Bischofs. Es ist der größte Barockdom nördlich der Alpen. Die Domorgel ist mit 17.974 Pfeifen und 233 Registern die größte Domorgel der Welt sowie die größte Orgel außerhalb der USA.
Lamberg Palais
Neben dem Dom ist auf dem Domplatz, dem höchsten Punkt der Altstadt, noch das Lamberg-Palais erwähnenswert; dort wurde 1552 der Passauer Vertrag geschlossen.
Alte Residenz
Südlich des Doms steht die Alte Residenz, die heute das Landgericht beherbergt. Im ehemaligen Fürstbischöflichen Opernhaus befindet sich das Stadttheater, das 1645 ursprünglich als Ballhaus errichtet wurde.
Rathaus
Am Donauufer befindet sich das Rathaus aus dem 14. Jahrhundert mit seinem 38 Meter hohen Turm, der 1890 hinzugefügt wurde.
Am Rathausplatz beherbergt das Patrizierhaus Wilder Mann das Passauer Glasmuseum mit herausragenden Exponaten des weltberühmten Böhmischen Glases.
Östlich des Rathausplatzes steht das 1848 bis 1851 von Friedrich von Gärtner errichtete klassizistische Hauptzollamt.
Veste Oberhaus
Hoch über der Stadt liegt im Norden die Veste Oberhaus. Sie beherbergt unter anderem das interaktive Oberhausmuseum.
Niedernburg
Unweit des Rathauses befindet sich die ehemalige Jesuitenkirche St. Michael mit dem benachbarten Komplex des ehemaligen Jesuitenkollegs, weiter in Richtung Ortspitze das ehemalige Benediktinerinnenkloster Niedernburg.